Begin 17 eeuw zetten de Nederlands Kolonisten een handelsvestiging neer na bij het inheemse dorp Parmurbo. In 1651 werd het fort door de Engelsen veroverd en ze noemden het Fort Willoughby, naar Francis Willoughby. 16 jaar later werd het fort weer veroverd door Abraham Crijnssenfort, hij noemde het Fort Zeelandia. Op een van de kruithuizen is nog een Zeeuwse wapen te zien, Arbraham Crijnssenfort kwam namelijk uit zeeland.
Na deze gebeurtenis werd het fort nog een keer veroverd door de engelse en kort daarna viel het weer in de handen van de Nederlanders. Fort Zeelandia werd uitgebreid met vijf bastions, drie er van bestaan nog, ze zijn aan de kant van de Surinaamse rivier gebouwd. De eerste werd bastion Middelburgh genoemd de tweede bastion Zierikzee en de derde bastion Veere.
Nadat de fransen in 1712 een aanval hadden gedaan op de plantage rond Fort Zeelandia besloten ze om de twee bastions die aan de landkant gebouwd waren, weg te halen en er werd een nieuw fort gebouwd Fort Nieuw-Amsterdam. Fort Zeelandia werd een kazerne en later een gevangenis.
Voor dat de oorlog van 1940 uitbrak werkte er al veel Duitse zendelingen in de Nederlandse kolonie. Ongeveer 50 Duitse zendelingen werden tijdens de oorlog in fort Zeelandia opgesloten. Later werden ze naar Huize Melati gebracht een rooms-katholiek missie-internaat in Para.
In 1967 kwam er in het fort een Surinaams Museum. Een dag voor de onafhankelijkheid van Suriname werd het standbeeld van Koningin Wilhelmina van het Onafhankelijksplein verplaatst naar het fort. Op de oude plek werd een vlaggenmast geplaatst waarop de volgende dag de nieuwe Surinaamse vlag werd gehesen.
In 1982 nam Desi Bouterse en zijn militairen hun intrek in het fort. Het werd het hoofdkwartier van de toenmalige militaire machthebbers en het werd gebruikt om tegenstanders van het regime op te sluiten.
Rond 8 december van dat zelfde jaar werden vijftien politieke tegenstanders van Desi Bouterse gemarteld en vervolgens, op de ringmuur, aan de kant van de Surinamerivier, gefusilleerd. Een gebeurtenis die bekendstaat als de decembermoorden. In 2009 werd een gedenkteken geplaatst.